內政部營建署表示，基於使用者付費原則，針對申請查詢開發基地是否位於區域計畫法劃設之「海域區」，或臺灣沿海地區自然環境保護計畫所劃設之「自然保護區」、「一般保護區」之案件，免費查詢服務的時代即將結束。該署業依規費法規定，研擬完成「內政部受理查詢海域區及沿海保護區案件收費標準」（草案），未來每案須繳交350元的規費。該收費標準草案已完成預告程序，並經內政部法規委員會於106年3月13日審查完竣，近期將報請財政部同意後，即可發布施行。

內政部營建署並表示，近年來由於申請查詢案件日趨增加，該署基於行政協助，及為節省申請人查詢所耗時間，針對52項環境敏感地區查詢作業，已建立收費制單一窗口機制與系統平台。但申請人仍習慣以函請該署協助查詢開發基地是否位於「海域區」或「沿海保護區」，據統計，每年查詢案件數約有2000~3000件之多。

有鑑於查詢業務量繁多，而且有許多個案明顯不靠海，例如南投縣，或其他不臨海的鄉鎮，申請人仍發文查詢；所以該署業已於該署網站，將無須查詢的鄉（鎮）及地段等完整列出，並通函轉知相關單位。所以實務上，免查詢地區申請人只要檢附通函即可。但如果申請人仍要提出申請，未來將繳交審查費後，該署仍會儘速函復申請人；或可利用「環境敏感地區單一窗口查詢平台」(網址為http://60.248.163.236/）提出。

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